Vinoří protékají tři potoky - Vinořský, Ctěnický a bezejmenný potok napájecí rybníky U Kamenného stolu a U Pohanků. Všechny patří do povodí Labe. V řešeném území je celkem sedm rybníků, šest na Vinořském potoce a jeden na Ctěnickém potoce.

Vinořský potok
je levostranným přítokem Labe. Pramení v Praze - Kbelích ve výšce 265 m. n. m., jeho délka je cca 12,5 km a plocha povodí 40,5 km². 
Významnějším způsobem ovlivňuje potok vodní režim jen v nejbližším okolí. Vinořský potok přitéká od Kbel z jihozápadu a teče k severovýchodnímu rohu území. Napájí čtyři rybníky - Biologický, Malou a Velkou Obůrku a Cukrovarský.
Rybník U Pohanků (Pohankův rybník, Pohančák), který leží také na Vinořském potoce, je v současné době napájen vodou z rybníka U Kamenného stolu ve Vinořském parku a ne z Vinořského potoka. 
Z východní strany jsou Vinořský potok a jeho rybníky téměř v celé délce ohraničeny strmým svahem o maximální výšce 17 m. Výšková kóta území na jihovýchodní a východní straně území se pohybuje v rozmezí 230 -265 m n.m.  Koryto Vinořského potoka je přirozené, neregulované. Potok většinou protéká oblastmi bujné vegetace, mezi rybníky Velkou Obůrkou a Cukrovarským vede koryto zamokřenou loukou.
Dále po toku se Vinořský potok nazývá Valcha (v Podolance a Dřevčicích) nebo Chobot v Brandýse nad Labem).

Bezejmenný potok,
pravostranný přítok Vinořského potoka, pramení v oblasti mokřadní olšiny v hluboce zaříznutém údolí nad rybníkem U kamenného stolu. Napájí tento rybník a dále se vlévá do rybníka U Pohanků. Tento rybník byl dříve napájen Vinořským potokem, u kterého ale stále existuje riziko kontaminace těžkými kovy. Proto byl tento rybník po asanaci přepojen na bezejmenný potok.

Bezejmenný potok protéká terénním zářezem (roklí), patrně vyhloubeným potokem, s poměrně strmými svahy na obou stranách. Rokle má hloubku 8 -14 metrů a je současně pramennou oblastí potoka. Jde o krajinářsky významné údolí lemované výchozy svrchnokřídových pískovců. Na svazích se vyskytují porosty starých dubů a na dně údolí v pramenné oblasti mokřadní olšiny. Toto území patří k bývalému zámeckému parku, který je dnes přírodní rezervací.

Ctěnický potok
pramení v polích severozápadně od Vinoře, protéká Ctěnickým rybníkem a dále směřuje na východ. Na horním toku v polích jsou břehy a koryto potoka zarostlé trávou, střední a dolní tok je obklopen hustým porostem keřů a stromů. Protéká územím s výškovými kótami 240 -238 m n. m. Nejnižší bod se nalézá za soutokem Ctěnického a Vinořského potoka s nadmořskou výškou 222 m n. m.
Za průmyslovým areálem se Ctěnický potok z levé strany vlévá do potoka Vinořského. Ctěnický potok se na území Přezletic též nazývá Přezletickým.

Rybníky

Tabulka parametrů jednotlivých rybníků
 

Asanované rybníky
Oblast Biologického rybníka byla u nás i ve světě považována za jednu z nejvíce znečištěných lokalit kadmiem a dalšími těžkými kovy, které se do rybníků dostaly v minulosti z galvanovny v bývalém podniku PAL Kbely.

Na ploše necelých dvou hektarů bylo v rybničním sedimentu analyzováno 9 tun kadmia, 21 tun chrómu, 15 tun mědi, 73 tuny zinku, 4 tuny niklu a 1,5 tuny olova. V povrchové vrstvě koncentrace běžně přesahovaly 2.000 ppm, zatím co běžná hodnota přirozeného pozadí je 0,2 ppm a hodnota doporučená k asanaci v průmyslové zóně je nad 30 ppm obsahu kadmia.

Biologický rybník byl proto v nedávné době asanován. Zonální těžba bahna zasahovala místy až do hloubky 1,5 metru, aby obsah kadmia nepřevyšoval 25 ppm.

Asanace rybníka U Pohanků byla provedena na podzim roku 1996, ještě při asanací Biologického rybníka. Bylo vytěženo cca 6.500 tun kontaminovaného materiálu. Dnes je do tohoto rybníka přiváděna voda z rybníka U kamenného stolu a to umožňuje využití rybníka k chovu ryb.